Los NIH están formados por la Oficina del Director (OD, por sus siglas en inglés) y 27 institutos y centros. La OD es la oficina central de los NIH. Es responsable de establecer las políticas de los NIH y de planificar, gestionar y coordinar los programas y las actividades de todos los componentes de los NIH.

El director de los NIH se encarga de la conducción general de las actividades de los NIH, tanto en áreas científicas como administrativas. Si bien cada instituto dentro de los NIH tiene una misión separada, el director de los NIH tiene un papel activo a la hora de dar forma a la agenda de investigación y las perspectivas de la agencia. Con una visión única y decisiva de la misión de los NIH en su totalidad, el director es responsable de conducir a los institutos para identificar necesidades y oportunidades, en especial en lo que respecta a iniciativas que involucren a varios institutos. El director de los NIH cuenta con el apoyo del subdirector principal, que comparte la dirección general de las actividades de la agencia.

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